นักวิทยาศาสตร์ของ ISU เอาชนะ DNA ที่ซ้ำซากเพื่อจัดลำดับจีโนมของศัตรูพืชถั่วเหลืองที่ทำลายล้าง

นักวิทยาศาสตร์ของ ISU เอาชนะ DNA ที่ซ้ำซากเพื่อจัดลำดับจีโนมของศัตรูพืชถั่วเหลืองที่ทำลายล้าง

มันเหมือนกับการต่อจิ๊กซอว์เข้าด้วยกันซึ่งชิ้นส่วนทั้งหมดเหมือนกัน แต่มีวิธีแก้ปัญหาเดียวเท่านั้น นักวิจัยของ Iowa State University (ISU) เอาชนะความแปลกประหลาดของ DNA ของไส้เดือนฝอยของซีสต์ถั่วเหลืองเพื่อจัดลำดับจีโนมของมัน ปูทางสำหรับแนวทางการจัดการที่ดีขึ้นเพื่อต่อสู้กับศัตรูพืชอันดับ 1 ที่คุกคามถั่วเหลืองไอโอวา งานวิจัยได้รับการตีพิมพ์เมื่อเร็ว ๆ นี้ในวารสาร BMC Genomics ที่ได้รับการตรวจสอบโดยเพื่อน

ไส้เดือนฝอยซีสต์จากถั่วเหลืองเป็นพยาธิตัวกลม

ที่ติดเชื้อที่รากของถั่วเหลืองและสามารถทำลายผลผลิตในทุ่งที่ติดเชื้อได้ ประชากรไส้เดือนฝอยก่อตัวขึ้นในทุ่งนาและอยู่ได้นานหลายปี ซึ่งหมายความว่าเอเคอร์ที่ถูกรบกวนกลายเป็นปัญหาการจัดการไม้ยืนต้นสำหรับเกษตรกร พ่อพันธุ์แม่พันธุ์พืชได้ศึกษายีนในถั่วเหลืองที่สามารถเพิ่มความต้านทานต่อไส้เดือนฝอยได้ แต่การจัดลำดับจีโนมของไส้เดือนฝอยช่วยเติมเต็มช่องว่างที่สำคัญในความเข้าใจทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับศัตรูพืชเหล่านี้ที่ยังคงว่างเปล่าอย่างดื้อรั้นมานานหลายปี Thomas Baum ผู้เขียนอาวุโสของการศึกษาและ Charles กล่าว F. Curtiss ศาสตราจารย์พิเศษและประธานสาขาโรคพืชและจุลชีววิทยา

Baum กล่าวว่า “นักวิจัยมองไปที่การต่อต้านในด้านถั่วเหลืองของสมการ แต่เป็นการยากที่จะทำงานที่ครอบคลุมเกี่ยวกับชีววิทยาและความรุนแรงของศัตรูพืชได้เนื่องจากไม่มีจีโนมที่ใช้งานได้” Baum กล่าว “งานของเราเป็นก้าวย่างที่ยิ่งใหญ่ในการเปิดใช้งานการวิจัยใหม่”

DNA ซ้ำๆ พันธุศาสตร์ของไส้เดือนฝอยซีสต์ถั่วเหลืองนำเสนอความท้าทายที่ทำให้นักวิทยาศาสตร์ไม่สามารถประกอบจีโนมเต็มได้เป็นเวลาหลายปี ทีมวิจัยได้จัดลำดับจีโนมก่อนโดยจัดลำดับส่วนที่เล็กลงแล้วจึงนำส่วนเหล่านั้นมารวมกันเป็นจีโนมแบบเต็ม ประมาณหนึ่งในสามของยีน 29,769 ยีนของไส้เดือนฝอยมีการทำซ้ำ ซึ่งหมายความว่ายีนจำนวนมากมาในสำเนาหลายชุด Rick Masonbrink นักวิทยาศาสตร์ร่วมในสำนักงานเทคโนโลยีชีวภาพ ISU และผู้เขียนนำการศึกษากล่าว Masonbrink กล่าวว่า DNA ที่ซ้ำซากซับซ้อนอย่างมากในกระบวนการหาลำดับและประกอบ

Andrew Severin ผู้ร่วมเขียนการศึกษาและผู้จัดการของ ISU Genome Informatics Facility เปรียบเสมือนจิ๊กซอว์ปริศนาของท้องฟ้าสีครามที่ชิ้นส่วนทั้งหมดมีรูปร่างและสีเหมือนกัน เป็นการยากที่จะเข้าใจว่าชิ้นส่วนที่ซ้ำซากเหล่านี้เข้ากันได้อย่างไร Severin กล่าว แต่วิธีการที่เรียกว่าเทคโนโลยีการจัดลำดับการอ่านระยะยาวทำให้สามารถประกอบจีโนมคุณภาพสูงได้

ตอนนี้ จีโนมที่ประกอบอย่างสมบูรณ์อาจนำไปสู่การพัฒนากลยุทธ์การจัดการศัตรูพืชที่ดีขึ้น Baum กล่าว การมีจีโนมที่ประกอบกันอย่างเต็มที่จะทำให้นักวิทยาศาสตร์สามารถเปรียบเทียบประชากรไส้เดือนฝอยที่แตกต่างกันในระดับยีนได้

เมื่อไส้เดือนฝอยติดเชื้อในต้นถั่วเหลือง พวกมันจะต่อสู้กับการป้องกันตามธรรมชาติของถั่วเหลือง จีโนมสามารถช่วยให้ผู้เพาะพันธุ์พืชเข้าใจว่าไส้เดือนฝอยสามารถเอาชนะการป้องกันของถั่วเหลืองได้อย่างไร

“สิ่งนี้ช่วยให้เราเข้าใจพยาธิสภาพพื้นฐานของหนอน” Baum กล่าว “ตอนนี้เราสามารถเห็นการแข่งขันด้านอาวุธทั้งสองฝ่าย ทั้งฝ่ายรุกและฝ่ายรับ” ทีม ISU ได้ทำการวิจัยใน  ฐานข้อมูลออนไลน์แบบเปิด  สำหรับนักวิทยาศาสตร์คนอื่นๆ

การแนะนำการควบคุมทางชีวภาพมีอิทธิพลสำคัญต่อการจำหน่ายพริกหวานในเชิงพาณิชย์ ดังที่เห็นได้ชัดเจนจากตัวเลขการส่งออกจากสเปนไปยังเยอรมนี เนื่องจากมีสารกำจัดศัตรูพืชตกค้างมากเกินไป การส่งออกจึงลดลงกว่า 40% ระหว่างปี 2547 ถึง 2550 การนำ IPM มาใช้ทำให้ปริมาณการส่งออกฟื้นตัว และการเติบโตอย่างน่าทึ่งหลังปี 2555 ภายหลังปี 2550 การควบคุมทางชีวภาพก็ค่อยๆ นำมาใช้ในระบบ IPM ในพืชผลอื่นๆ . จากการเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญในการจัดการศัตรูพืช ปัจจุบันผลิตภัณฑ์จากโรงเรือนในสเปนตะวันออกเฉียงใต้มีการนำเสนออย่างภาคภูมิใจ โดยมีระดับสารตกค้างที่ต่ำกว่าขีดจำกัดที่กำหนดโดยลูกค้าที่มีความต้องการมากที่สุด

Credit : getfreeinsurancequotes.net digilogique.com literarytopologies.org sekisei.org sheetchulaonline.com veniceregional.net kaitorishop.info caribbeandaily.net migisita.net mezakeiharabim.info